商品生理生化变化，是指有机体商品本身所进行的一系列变化。如粮食、果蔬、鲜鱼、鲜肉、鲜蛋等商品，在流通中，受外界环境的影响，往往会发生各种各样的生理生化变化，下面分述这些变化中的呼吸、发芽和胚胎发育。
1．流通商品的呼吸作用
呼吸作用是指有机体商品在生命活动过程中，不断进行呼吸，分解体内有机物质产生热能，维持其本身生命活动的现象。呼吸停止就意味着有机体商品生命力的丧失。呼吸作用是指有机体在氧与酶的参与下进行一系列的氧化过程。被呼吸作用分解的物质称为呼吸基质，基质中最主要的是糖类中的葡萄糖。呼吸作用可分为有氧呼吸和缺氧呼吸两种类型。呼吸作用是导致许多果菜类商品在流通中损失的主要原因。
•有氧呼吸是有机体商品中的葡萄糖在空气中氧的作用和呼吸酶的催化下，经过氧化还原，转化为二氧化碳和水，并释放出热量，这种氧化过程叫做有氧呼吸。有氧呼吸产生热量并分解出水分，有利于微生物的繁殖，加速霉变。
•缺氧呼吸是指在无氧的条件下，有机体利用分子内的氧进行呼吸作用，葡萄糖在各种酶的催促下，分解成酒精、二氧化碳，释放出热量，这种氧化过程叫做缺氧呼吸。这种呼吸作用，葡萄糖还未完全分解，产生出来的酒精属中间产物，这个化学反应过程与发酵酒一样，因此又把它看成是发酵作用。缺氧呼吸产生的酒精如果积累过多，会促使有机细胞中毒死亡，其结果会使粮种发芽率降低，果实和蔬菜腐烂等。
2．流通商品的发芽
有些有机体商品，如粮食、果蔬等在流通过程中，如果水分、氧气、温湿度等条件适宜就可能发芽，其结果会使粮食、果蔬的营养物质在酶的作用下转化为可溶性物质，供给有机体本身的需要，从而降低有机体商品的质量。例如，各种粮食发芽都会降低加工成品率和食用价值，马铃薯发芽则会产生有毒物质。同时发芽过程中通常伴随发热生霉，不仅增加损耗，而且降低质量，粮食种子则会丧失播种价值。
3．流通商品的胚胎发育
这里主要指的是受精后鲜蛋的胚胎发育。鲜蛋在流通过程中如果温度适宜，胚胎往往会发育成为血环蛋，大大降低鲜蛋的质量。为抑制鲜蛋的胚胎发育，要选用合理的运输、储存方式和商品包装材料。
有机体商品除上述生理生化变化外，还可能被接触到的有害微生物污染，发生霉变、发酵、蛋白质腐败等变化，并可能招致虫蛀，造成商品损毁。霉变是有机体商品容易发生的变化；发酵主要是被酵母菌、乳酸菌、醋酸菌等污染后，使商品发生分解作用；蛋白质腐败主要是由于细菌污染食品而发生蛋白质分解的现象。
